
Contrairement à son prédécesseur, les compétences du joueur et sa réussite lors des batailles influencent fortement la fin de Sangokushi Kōmeiden. Au début de la plupart des missions, certaines décisions modifient le déploiement des troupes, les événements et les objets trouvés dans les arsenaux et greniers. Le jeu suit également les performances du joueur en surveillant la santé physique du personnage et en comptant les retraites ou redémarrages de niveaux. Prendre trop de tours ou relancer trop souvent une bataille affaiblit Zhuge Liang, qui peut mourir avant la bataille décisive des plaines de Wuzhang. Si le joueur est assez habile, Zhuge simule sa mort pour piéger Sima Yi, et le jeu se poursuit jusqu'au dernier chapitre face aux royaumes de Cao Wei et Sun Wu.